目前，彩色掃描儀已成為市場的主流，它能夠很真實地還原原稿圖像的品質。這是通過彩色掃描儀掃描得到的數字圖像，可以看到不論是在形狀還是在色彩方面，掃描得到的圖像都很好地保持了原稿的品質。
　　
　　真實色彩的還原主要應歸功于掃描儀獨特的色分離技術。由于CCD只是將所感應到的光轉換成相應大小的電流，它不可能對所掃描圖像的顏色進行識別。因此，掃描儀需要將這些顏色進行分離。我們都知道，紅(R)、綠(G)、藍(B)是色光的三基色，即用這三種顏色可以組合出其他任意顏色。根據這個原理，掃描儀在掃描圖像時先生成分別對應于紅、綠、藍的三幅圖像，也就是說每幅圖像中只包含相應的單色信息，即紅基色圖像中只包含紅色信息，綠基色圖像中只包含綠色信息，藍基色圖像中自然只包含藍色信息。 后，將這三幅圖像合成即可得到彩色圖像。
　　
　　目前，應用于掃描儀的色分離掃描方式主要有四種：濾光片色分離掃描方式、光源交替色分離掃描方式、三CCD色分離掃描方式和單CCD色分離掃描方式。
　　
　　1．濾光片色分離掃描方式
　　
　　濾光片色分離掃描方式其基本原理是在線性CCD圖像傳感器的前面加裝一濾光片，濾光片從上向下分為三等份，其中第一部分為紅色濾光片，第二部分為綠色濾光片，第三部分為藍色濾光片。掃描時，通過濾光片的移動使CCD傳感器分別記錄相應基色下的圖像信息，從而得到三基色的三幅圖像的信息。

　　2．光源交替色分離掃描方式
　　
　　與濾光片色分離掃描方式的原理類似，它是在鏡頭與掃描原稿之間加設三根發光燈管，其顏色分別為紅色、綠色和藍色。
　　
　　掃描圖像時，三根不同顏色的燈管交替發光，從而使CCD得到三幅三基色圖像信息。
　　　　
　　3．三CCD色分離掃描方式
　　
　　與前兩種色分離方式不同，三CCD色分離掃描方式使用三個CCD完成掃描、成像過程。光線通過鏡頭時，經過一個特殊設計的分光棱鏡將相應顏色的光線反射到相對應的CCD圖像傳感器中，每一個CCD產生一種顏色的圖像數據，經過一次掃描即可得到彩色的圖像。
　　
　　這種分色成像方式成像速度 快，但造價 高。
　　
　　4．單CCD色分離掃描方式
　　
　　單CCD色分離掃描方式仍然是采用單個線性CCD，不過在CCD的感光面上加入了濾色鏡，在感光的同時直接進行分色。